Cette étude nous a permis d'avoir une vue d'ensemble sur les multiples données du projet GARP à Madagascar, et de produire un bilan partiel à l'issue de la quatrième année d'étude. Contrairement à nos hypothèses de départ, l'interaction entre système de culture et fertilisation n'a jamais été statistiquement significative au cours de ces quatre années de projet. Cependant, il est indéniable que, prises séparément, l'une ou l'autre de ces deux modalités de culture ont un impact sur la progression des épidémies de pyriculariose. En raison de la grande variabilité des résultats, l'analyse statistique n'a pas permis la mise en évidence d'un facteur particulier expliquant le lien entre pyriculariose et système de culture ou fertilisation mais la dynamique de l’assimilation de l’azote ainsi que la densité du couvert végétal semblent avoir des effets conjoints sur la maladie. Des études plus approfondies portant sur l'équilibre entre tous les éléments minéraux pourraient permettre d'établir un bilan plus pertinent sur le lien entre la teneur en éléments minéraux et taux de maladie .La répartition des apports d'azote dans le temps (apport fractionné ou non) semble particulièrement intéressante et sera de nouveau étudiée au cours de la cinquième et dernière année de projet. La lutte contre la pyriculariose est complexe et d'autant plus difficile à mener à Madagascar que de nombreux problèmes écologiques, pédologiques, économiques et culturels se greffent au problème épidémiologique initial. Dans ce contexte, une approche systémique est nécessaire, afin de trouver un compromis intégrant toutes ces contraintes, et permettant de maintenir la maladie à un niveau acceptable n’affectant pas significativement le rendement. La collaboration entre les différents domaines de recherche est nécessaire, ainsi que le développement d'outils transversaux de traitement de données et d'évaluation des systèmes de culture.

La pyriculariose, maladie fongique du riz (Oryza sativa) causée par Magnaporthe oryzae pouvant entrainer des pertes allant jusqu'à 100% des récoltes, est un problème majeur dans tous les pays qui cultivent cette céréale. A Madagascar, la lutte contre la pyriculariose fait l'objet de nombreux projets de recherche, notamment dans la région des Hautes Terres, la plus anthropisée du pays. Dans une optique de mise en place de nouveaux modèles d'agriculture durable dits agroécologiques, permettant de stabiliser les rendements agricoles tout en prenant en compte les dégâts des bio-agresseurs, le projet GARP (Gestion Agronomique de la Résistance du riz à la Pyriculariose) a été initié par le CIRAD en 2009 en France, au Brésil, en Bolivie et à Madagascar. Le but de ce projet est d'identifier les mécanismes mis en jeu dans l'interaction entre la résistance de la plante à la pyriculariose et les pratiques agronomiques. La démarche consiste à mesurer l'effet de systèmes d'intensification écologique, les Semis directs sur Couvert Végétal (SCV ; Capillon et Séguy, 2002), sur la dynamique du métabolisme de l'azote et sur la résistance de la plante à ses bio-agresseurs, par comparaison avec les systèmes de culture traditionnels avec labour. Le projet se compose de trois axes :  Mesurer l'effet des systèmes de culture sur la pyriculariose (expérimentation agronomique comparant des SCV avec des systèmes traditionnels)  Etudier les relations entre nutrition azotée et sensibilité à la pyriculariose  Etudier les mécanismes d'interactions entre métabolisme de l'azote et mécanismes de défense de la plante Afin de mener à bien ces trois tâches, le projet GARP a été mis en place pour une durée de cinq campagnes successives (2009 à 2014), au cours desquelles des suivis épidémiologiques ainsi que des mesures du statut azoté des plantes, du développement du couvert végétal et de rendement ont été réalisées. Du fait de la variété de ces mesures, ce projet se caractérise par une approche transversale, du champ au laboratoire. Mon travail a consisté d'une part à participer à la campagne 2012-2013 sur les essais, en effectuant des notations au champ, et d'autre part à rendre opérationnelle la base de données initiée dans le projet afin de faire une synthèse des données collectées au cours des quatre premières années. Afin de pouvoir analyser l'ensemble des données, j'ai également travaillé en collaboration avec les statisticiens impliqués dans GARP pour tester nos hypothèses de travail. L'objectif de ce rapport est de présenter une analyse synthétique des résultats des essais menés à Madagascar dans le cadre du projet GARP. Dans un premier temps, j'exposerai les connaissances actuelles sur les interactions entre les pratiques agronomiques de culture du riz pluvial et l’épidémiologie de la pyriculariose. Cette partie aboutira à l'établissement des hypothèses de travail et à la problématique de l'étude. Je détaillerai alors la démarche expérimentale suivie lors des différents essais au champ. La troisième partie présentera les résultats statistiques des suivis, qui seront discutés.