Les préoccupations sur le réchauffement global et l’augmentation des teneurs en gaz à effet de serre principalement le CO2de l’atmosphère conduisent à s’interroger au rôle des biomasses végétales en termesde puits de carbone. Cette présente étude vise à évaluer la quantité de biomasse racinaire des cultures principales et plantes de couverture, et par suite d’évaluer le stock de carbone apporté dans le sol par l’adoption des systèmes de culture sur couverture végétale (SCV) dans la Région du Lac Alaotra. Les échantillons de biomasses aériennes ont été prélevés par la méthode de récolte intégrale,les biomasses racinaires par la méthode du carottage(en surface et en fosse). Ceci permet d’obtenir la répartition de la densité de racine dans le profil et les quantités de biomasse. Des estimations de stock de carbone sont également entreprises ainsi que la modélisation (parle modèle de Hénin-Dupuis) de l’évolution du stock de carbone dans le sol selon le mode de gestion et la quantité des résidus restitués au sol (50 et 100 %).Les résultats obtenus montrent l’absence de différence significative des quantités des biomasses totales produites pour chaque culture entre les systèmes sur couverture végétale (SCV) et les systèmes conventionnels de labour sans restitution des résidus (LSR). Mais cette étude nous a permis d’avoir des ordres de grandeur sur les quantités de biomasses souterraines et aériennes des cultures principales et plantes de couverture utilisées dans les SCV et celles obtenues en système LSR. Quant au stockage de carbone, les systèmes LSR entrainent une perte de carbone dans le sol au fil du temps, ce qui n’était pas le cas des systèmes SCV, permettant son accroissement. En fait, 25% de ses accroissements en SCV proviennent des biomasses racinaires des plantes.Ceci permet de dire que l’apport de carbone racinaire estinférieur à ceux provenant des biomasses aériennes.