Stocker de la matière organique dans le sol permet d’améliorer ses propriétés physico-chimiques et d’augmenter sa fertilité. Cette étude ayant comme objet d’établir une ligne de base «carbone et azote» dans le Moyen-Ouest du Vakinankaratra, vise à déterminer les stocks de carbone et d'azote des sols de la région. Deux principaux systèmes ont été étudiés sur cent parcelles paysannes:46 parcelles conduites sous pratiques agro-écologiques (SCV sous Stylosanthès) ; 54 sous système conventionnel de labour. Les résultats montrent que pour l’horizon 0-10 cm, les teneurs et les stocks de carbone sont plus élevés sous SCV que sous système conventionnel, avec, respectivement, des teneurs de 20,92 g C kg-1 sol et 17,44g C kg-1sol et des stocks de23,08 Mg C ha-1et 19,59 Mg C ha-1. Ceciest attribué essentiellement aux quantités plus importantes de résidus organiques restitués par le SCV que par le système conventionnel. Une partie de cette différence peut être aussi expliquée par un contrôle plus marqué des pertes de carbone par érosion sous SCV. Toutefois, pour l’ensemble de l’horizon 0-30cm, aucun effet du SCV n’est observé. Cette absence d’effet est due au fait que l’horizon de surface est une zone de concentration des débris végétaux sources de matière organique. Or cette teneur diminue au fur et à mesure que l'on descend en profondeur. Les teneurs et stocks d’azote du sol sont également plus élevés sous SCV que sous conventionnel tant en surface qu’en profondeur avec des teneurs de 1,60g N kg-1 en surface sous SCV contre 1,27 gN kg-1 sous conventionnel.A 0-30cm, les stocks d’azote sont de 4,16 Mg N ha-1pour le SCV et 3,27 Mg N ha-1en système conventionnel. La différence entre les deux systèmes est surtout liée à la nature de la plante de couverture qui est une légumineuse.