Le haricot tient la troisième place de culture vivrière après le riz et le manioc à Madagascar. La présente étude a comme objectif principal de décrire la structure et le fonctionnement des microorganismes du sol de culture dans des parcelles paysannes de culture de haricot où la performance en milieu naturel de six souches de Rhizobium déjà identifiées efficientes au laboratoire a été testée. Les expérimentations ont été menées sur le haricot de la variété RI 5-2 dans deux groupes de parcelles paysannes de la région Vakinankaratra. Les résultats ont montré que l’inoculation microbienne couplée avec l’apport de phosphate de l’ordre de 50 à 200kg/ha a permis d’améliorer significativement à la fois le développement des plantes et le rendement de la production. Ces traitements ont inhibé, par contre, l’activité microbienne globale du sol, l’activité des enzymes phosphatasiques et l’établissement des structures mycorhiziennes au niveau des racines par les champignons mycorhiziens natifs du sol. L’apport de dolomie de l’ordre de 400kg/ha n’a pas eu d’effet significatif ni sur le développement des plantes, sur le rendement de la production ni sur le fonctionnement microbien du sol de culture. Ces résultats illustrant la performance de la technologie d’inoculation microbienne pour la production de haricot à Madagascar constituent des avancées significatives dans les programmes de réduction de l’utilisation des engrais chimiques. Leurs impacts sur les pratiques paysannes sont également importants étant donné qu’ils proposent la réduction de la fertilisation azotée pour la production de haricot.